Với tài năng của mình, Aimar nhanh chóng được triệu tập vào đội hình trẻ và đội tuyển quốc gia Argentina tham dự các giải đấu lớn trên thế giới. Aimar cũng đã có những đóng góp nhất định trong lối chơi và thành tích của đội tuyển quốc gia. Nhưng những đóng góp này chưa tương xứng với sự kỳ vọng của người hâm mộ dành cho anh ở cấp độ đội tuyển. Trong sự nghiệp thi đấu của mình, Aimar là thành viên trong đội hình đội tuyển U20 Argentina đoạt chức vô địch Giải trẻ Thế giới năm 1997. Pablo Aimar cũng đã sút tung lưới đối phương 8 lần trong tổng số 51 trận khoác áo đội tuyển quốc gia Argentina và đã cùng đội bóng này lọt vào tứ kết World Cup 2006.[2][5][12] và cũng là nhân tố quan trọng trong việc đưa đội tuyển Argentina vượt qua cửa tử để góp mặt tại Vòng chung kết bóng đá thế giới năm 2010 tại Nam Phi

Wold Cup 2006

Trong trận gặp đội tuyển Brasil trong vòng loại Wold Cup 2006 trên sân Belo Horizonte của Brasil thật sự là một kỷ niệm không vui đối với anh vì đội nhà đã thua tan tác trước kình địch. Trong trận đấu đó, Pablo Aimar cũng chưa hoàn toàn bình phục để có thể ra sân ngay từ đầu. Thiếu một cầu thủ dẫn dắt thực thụ, Argentina triển khai tấn công thiếu mạch lạc.

Trong vòng chung kết World Cup 2006 tại Đức, Aimar cũng ít có cơ hội được ra sân do phải chấp nhận vai trò dự bị cho cầu thủ Riquelme. Anh đã kịp bình phục chấn thương dính phải trước đó nhưng anh chỉ có thể đánh bóng băng ghế dự bị. Huấn luyện viên José Pekerman thích dùng Riquelme và thần đồng Messi hơn là Aimar cho vị trí tiền vệ công.[3][9]Trước đó giới chuyên môn nhận định rằng, Pekerman sẽ kết hợp giữa một Riquleme tinh quái với khả năng kiến tạo cùng một Aimar khéo léo, chịu khó di chuyển phát xuất từ thiên hướng tấn công bẩm sinh của một tiền vệ năng nổ, tầm quan sát tốt, phản ứng nhanh nhạy, cũng như khả năng kiểm soát bóng đẳng cấp của bộ đôi này.[31]

Copa Cup 2007

Tại Copa Cup năm 2007, trong trận mở màn gặp đội tuyển Mỹ ở trận mở màn, Argentina đã chơi khá bế tắc ở hiệp 1 và để đối thủ cầm chân 1-1 sau giờ nghỉ. Sang hiệp hai, khi Basile tung Aimar vào sân thay Cambiasso, trong vòng 31 phút mà Aimar chơi cạnh Messi, Albiceleste đã chơi sinh động hẳn lên và "Chú hề nhỏ" đã ghi được 1 bàn thắng quý giá.[32]

Nhưng tại giải này, Argentina vẫn không đạt được kết quả như mong muốn, họ thi đấu không được tốt, Aimar cũng không phát huy hết được sở trường của mình để thực sự trở thành một người dẫn dắt lối chơi cho toàn đội.

World Cup 2010

Đến World Cup 2010, ngay từ chiến dịch vòng loại, huấn luyện viên Maradona đã bất ngờ triệu tập Pablo Aimar vào đội hình thi đấu bất chất cầu thủ này đã lớn tuổi (31 tuổi) và đã qua thời kỳ đỉnh cao phong độ mặc dù có biểu hiện phục hồi khi chơi ở Benfica.[33][34] Đây được coi là giải pháp sử dụng những nhân tố mới (Pablo Aimar trở lại lần đầu sau hơn 2 năm).[35] Rất nhiều người đã hoài nghi vào quyết định triệu tập Pablo Aimar và Martin Palermo của huấn luyện viên Maradona. Việc bất ngờ gọi Pablo Aimar, cầu thủ đã không chơi cho đội tuyển hơn 2 năm qua và "gã điên" Palermo khiến Maradona khiến tất cả ngỡ ngàng ông bị gọi là "kẻ điên khùng". Tuy vậy việc gọi Aimar vào đội hình đã góp phần tạo hưng phấn cho Messi, anh tỏ ra rất phấn khởi khi tiền vệ Pablo Aimar vừa được Diego Maradona gọi trở lại đội tuyển Argentina. Anh phát biểu trên Goal.com: "Tôi rất thích lối đá của Pablo Aimar, hy vọng khi được thi đấu cùng nhau, chúng tôi sẽ giúp Argentina giành được số điểm tối đa trong 2 trận đấu sắp tới ở vòng loại World Cup 2010".

Và không phụ lòng tin tưởng của Maradona, Pablo Aimar đã có một trận đấu có thể nói là xuất sắc và đáng nhớ nhất của anh khi khoác áo đội tuyển quốc gia. Đó là trận đấu mang tính quyết định với Peru trong việc giành tấm vé vào chơi ở vòng chung kết World Cup 2010 tại sân nhà của Argentina là Monumental. Dù Aimar chỉ đá được 75 phút, do thể lực vẫn là điểm yếu cố hữu của anh, nhưng tờ Goal vẫn dành cho "chú hề" điểm số 7,5 (cao nhất trong số những người đá chính).

Ở trận đấu này, Pablo Aimar ra sân trong đội hình xuất phát. Như thường lệ, anh giữ vai trò kiến thiết ngay sau hai tiền đạo Higuaín và Messi. Ngay phút thứ 9, Aimar có pha tạt bóng chuẩn xác cho Gabriel Heinze bật cao đánh đầu, đang tiếc là bóng lại đi chệch cột dọc.[35] Bộ đôi đang chơi cho Benfica, Aimar và Di Maria đã chơi xuất sắc giúp Argentina có được thế trận ổn định ở giữa sân nhưng họ vẫn thiếu một chân sút có thể cụ thể hóa các cơ hội thành bàn thắng. Cuối hiệp 1, Argentina lại có một cơ hội rõ rệt khác khi Aimar lại một lần nữa chuyền bóng chuẩn xác cho Di Maria tung cú vô lê, đáng tiếc là bóng đi sạt cột dọc trong gang tấc.

Phải sang tận đầu hiệp 2, Argentina tăng tốc và bất ngờ có được bàn thắng ở phút 47. Aimar có một pha chọc khe thông minh và tinh tế cho Higuain băng xuống dứt điểm lạnh lùng hạ gục thủ môn Butron[35] mở tỉ số cho cho Argentina. Vì điểm yếu về thể lực, Aimar rời sân khi Argentina đang dẫn trước 1-0 và anh đã phải chứng kiến đội nhà bị tra tấn suốt những phút sau đó. Phút thứ 89, Vargas tung cú sút từ ngoài vòng cấm để Rengifo dũng mãnh băng vào đánh đầu cắt mặt đánh bại Romero, san bằng tỷ số 1-1 Argentina tràn lên tấn công và đúng vào phút bù giờ thứ 3, từ tình huống lộn xộn trong vòng cấm địa Peru, Heinze sút bóng chìm đi lập bập đến đúng chân Palermo. Và "gã khùng" dễ dàng đệm bóng vào khung thành trống, ấn định thắng lợi kịch tính 2-1 cho Albiceleste và đem về 3 điểm nghẹt thở cho Argentina.

Trong trận đấu này, người hâm mộ đã được chứng kiến sự trở lại ấn tượng của hai cầu thủ từng gây thất vọng trong quá khứ là Aimar và Palermo. Việc Argentina dự World Cup 2010 có sự đóng góp lớn lao của "chú hề" Pablo Aimar.

Mặc dù vậy trong trận gặp Uruguay, anh không được ra sân mà phải nhường chỗ cho Veron. Dù Pablo Aimar chơi khá tốt, được đánh giá cao nhất trong số các cầu thủ Argentina thi đấu với Peru, nhưng Maradona tuyên bố tiền vệ Veron (hết hạn treo giò) sẽ có mặt trong trận đấu với Uruguay. Việc này có thể đồng nghĩa với Pablo Aimar sẽ phải ngồi dự bị, vì anh đá cùng vị trí với Veron.

Điều đáng nói là do xung khắc với Riquelme nên Maradona đã chọn Veron làm người cầm nhịp ở tuyến giữa trong các trận đấu. Song vì cầu thủ này đã gây thất vọng nên Maradona đành quay sang "Chú hề nhỏ", (lúc này đã tròn 30 tuổi) và đang có phong độ khá tốt trong màu áo Benfica cho trận đấu sinh tử đó. Sau đó dù Aimar đá tốt nhưng Maradona vẫn tin dùng Veron.[36][37]